Кожен первинний ліпопротеїн характеризується наявністю окремого білка (аполіпопротеїну), властивого лише йому. Аполіпопротеїни позначаються латинськими літерами, а деякі з них представляють сімейство білків і додатково позначаються цифрами (наприклад, апо-А1, апо-А2 тощо).