Кожен первинний липопротеин характеризується наявністю в його складі індивідуального, тільки йому властивого білка (аполипопротеина). Аполіпопротеїни позначають латинськими буквами, причому деякі з них представляють сімейство білків і позначаються додатково ще і цифрами (наприклад, апо-А1, а по-А2 і т.д.).