Найчастіше псевдомембранозний коліт розвивається під впливом тривалого застосування антибіотиків ампіциліну, лінкоміцину, кліндаміцину, цефалоспоринів, рідше – пеніциліну, еритроміцину, хлорамфеніколу, тетрацикліну. Clostridium difficile – це спороутворююча грампозитивна анаеробна паличка, здатна продукувати два типи екзотоксинів: токсин А та токсин В. Існує чотири основні причини псевдомембранозного коліту, пов’язаного з C. difficile.