Клінічна діагностика достовірна лише при крупозної пневмонії, однак імовірність пневмококової етіології пневмонії, отиту, синуситу складає 60-80 ° о. Верифікувати діагноз можна тільки на підставі результатів мікробіологічного дослідження відповідного біосубстратах: при риніті - надзвичайно небезпечні носових ходів (мазок), при отиті, синуситі - гнійного ексудату, при пневмонії - мокротиння, при менінгіті - спинно-мозкової рідини.