Клінічний діагноз достовірний лише у випадку крупозної пневмонії, проте ймовірність пневмококової етіології позалікарняної пневмонії, отиту, синуситу становить 60-80°. Діагноз може бути верифікований лише на основі результатів мікробіологічного дослідження відповідного біосубстрату: при риніті - виділення (мазок) з носа, при отиті, синуситі - гнійний ексудат, при пневмонії - мокротиння, при менінгіті - спинномозкова рідина.