При вродженій цитомегаловірусній інфекції характер ураження плода залежить від періоду інфекції. Гостра цитомегаловірусна інфекція у матері в перші 20 тижнів вагітності може призвести до тяжкої патології плода, що призводить до самовільного викидня, внутрішньоутробної загибелі плода, мертвонародження, вад розвитку, у більшості випадків несумісних з життям. При інфікуванні цитомегаловірусом на пізніх термінах вагітності прогноз для життя та нормального розвитку дитини більш сприятливий.