Збудник кліщового вірусного енцефаліту відноситься до роду флавивирусов. Віріон має сферичну форму, діаметр 40-50 нм, містить РНК, добре розмножується в багатьох тканинних культурах. З лабораторних тварин найбільш чутливі до вірусу білі миші, хом'яки, мавпи, бавовняні пацюки. Сприйнятливі до вірусу кліщового енцефаліту і багато домашні тварини.