Ускладнення з боку жовчних шляхів після трансплантації печінки розвиваються в 10-20% випадків. До них відносять стриктури, витікання жовчі, фістули і холангіт. Можуть спостерігатися стриктури анастомозів, обумовлені технічними похибками, запаленням внаслідок закінчення жовчі і фіброзом, і стриктури, не пов'язані з анастомозами, що утворюються вище анастомозу в напрямку воріт печінки, зумовлені в ряді випадків ішемією проток.