Пацієнтів турбують такі симптоми кліщового енцефаліту: головний біль, загальна слабкість, нездужання, озноб, відчуття жару, пітливість, запаморочення, біль в очних яблуках та світлобоязнь, втрата апетиту, біль у м’язах, кістках, хребті, верхніх та нижніх кінцівках, попереку, шиї та суглобах.