Хворих турбують такі симптоми кліщового енцефаліту: головний біль, загальна слабкість, нездужання, озноб, відчуття жару, пітливість, запаморочення, біль в очних яблуках і світлобоязнь, зниження апетиту, болю в м'язах, в кістках, в хребті, в області верхніх і нижніх кінцівок , в попереку, в області шиї і в суглобах.