Кримську геморррагіческую лихоманку диференціюють від інших геморагічних лихоманок, грипу, лептоспірозу, менінгококкеміі. Черевного тифу, хірургічних захворювань з синдромом «гострого живота»; а також від тромбоцитопенічна пурпура (хвороба Верльгофа) з характерними підгострим початком, відсутністю температурної реакції, геморагічної висипом від дрібних петехій до великих екхімози на згинальних поверхнях кінцівок, тулуб, частими носовими і іншими кровотечами, гіпохромною анемією, лейкоцитозом, тромбоцитопенією і відсутністю змін з боку серцево-судинної системи.
