Аллоіммунние, або ізоімунна, нейтропенія новонароджених виникає у плода внаслідок антигенної несумісності нейтрофілів плоду і матері. Ізоантітела матері відносяться до класу IgG, вони проникають через плацентарний бар'єр і руйнують нейтрофіли дитини. Ізоантітела - зазвичай лейкоагглютініни, вони реагують з клітинами хворого і його батька, не реагують з клітинами матері.