Виявлення збудника має вирішальне значення для підтвердження діагнозу пневмоцистозу. Основним матеріалом для дослідження є мокротиння, бронхіальний секрет, змиви, отримані під час бронхіального лаважу або бронхоальвеолярного лаважу, шматочки легеневої тканини, взяті під час трансбронхіальної, перкутанної або відкритої біопсії. Найчастіше через важкий стан пацієнта ці маніпуляції не проводяться, щоб уникнути ускладнень.