Вирішальне значення для підтвердження діагнозу пневмоцистозу має виявлення збудника. Основний матеріал для дослідження - мокротиння, бронхіальний секрет, промивні води, отримані при промиванні бронхів або бронхоальвеолярному лаваже, шматочки легеневої тканини, взяті при трансбронхиальной, черезшкірної або відкритої біопсії. Найчастіше в зв'язку з важким станом хворого ці маніпуляції не проводяться, щоб уникнути ускладнень.