Найбільш частими причини пієлонефриту - представники сімейства Entembacteriaceae (грамнегативні палички), з яких на частку Escherichia coli припадає близько 80% (при гострому неускладненому перебігу), рідше в ролі збудника виступають Proteus spp., Klebsiella spp., Enterobacter spp., Citrobacter spp.