Більше 10 років тому був відкритий ген, мутації е якому призводять до розвитку HIGM1 форми захворювання. У 1993 році були опубліковані результати роботи п'яти незалежних дослідницьких груп, які показали, що мутації в гені ліганду CD40 (CD40L) є молекулярним дефектом, що лежить в основі Xt цепленіе форми гіпер-IgM синдрому. Ген, що кодує білок gp39 (CD154) - CD40L, локалізована на довгому плечі X хромосоми (Xq26-27). Ліганд CD40 жспрессіруется на поверхні активованих Т-лімфоцитів.